No Windows 7 e amp; 8 pelo menos, digite "mudar como" no menu iniciar / tela. Você deve ver (em Configurações no Windows 8) "Alterar como o mouse funciona". Selecione isso e procure a opção "Ativar uma janela passando o mouse sobre ela".
Agora, a janela sob o mouse será ativada automaticamente após um breve intervalo e a rolagem funcionará conforme o esperado.
Não tenho certeza se isso está disponível nas versões anteriores do Windows. Tente procurar em opções de acessibilidade no Painel de Controle.
Por questões de integridade, vamos listar todas as opções:
- Altere as configurações de Facilidade de Acesso (conforme indicado acima, funciona com pelo menos Win7 +, talvez outras)
- Use TXmouse como sugerido por @ Sean-Cheshire nos comentários (última atualização em 2005)
- Alterar as configurações do registro - consulte a pergunta " Definir o aumento automático de foco e o atraso de aumento automático de foco no Windows 7 "
- Use o WizMouse que tem a vantagem de não afetar a ordem das janelas como as outras respostas. No entanto, ele tem alguns problemas de compatibilidade (consulte o site). Suporta as versões do Windows de 2000 a 7, não tendo certeza se 8 é suportado.
ATUALIZAÇÃO: A partir da "Atualização 2" na pergunta, eu diria que o WizMouse é sua melhor opção desde que você possa viver com as limitações listadas que parecem girar em torno dos problemas do touchpad e da Logitech.