Você verá o maior ganho de desempenho obtido com o SO no SSD. A partir daí, qualquer aplicativo grande que você tenha será afetado diretamente pelo aumento da taxa de transferência. Eu encontrei (embora eu não sou uma porca AV enorme) que ter arquivos de mídia (Mp3, Flac, vídeo, etc) no SSD oferece pouca vantagem. Suas demandas podem ser diferentes.
Quanto ao swap, ele pode ser desativado? Eu atualmente tenho 2 laptops Linux rodando sem swap, e eu não tenho executado nenhuma troca no Windows desde que eu comecei meu primeiro SSD em ~ 08 e executei o Windows XP. O único programa que eu já tive problemas com a falta de espaço de troca foi o Photoshop 7 (lol).
Em suma, sempre que eu configuro uma nova máquina com um SSD eu coloco meu sistema operacional e os grandes programas no SSD, e todo o resto pode ser colocado em qualquer outro disco interno.