Eu lhe darei a resposta da perspectiva de um profissional de segurança.
A criptografia de disco rígido é, de fato, um bom recurso e pode manter todos os usuários, menos os mais experientes, fora de seus dados, no entanto, algo a ser observado aqui é que é realmente possível entrar.
Um método que vem fazendo algumas novidades ultimamente é resfriar criogenicamente o módulo de memória para que ele possa ser removido e inserido em outra máquina antes que a memória seja zerada. Isso dá a eles acesso a tudo na memória, incluindo a chave de criptografia que mantém seus dados seguros.
Portanto, a resposta curta é que a fragmentação de arquivos ainda é necessária se você não quiser que outras pessoas tenham acesso aos dados. Mesmo um disco rígido totalmente criptografado ainda pode ser quebrado por uma pessoa com as habilidades certas. Basta olhar para Bruce Schneier. Ele ganha a vida como consultor treinando as pessoas para se proteger contra esses tipos de ameaças. Um criptoanalista certamente poderia entrar e obter acesso aos dados caso eles tivessem motivação suficiente e poder computacional suficiente para lançar o problema.
Outra nota sobre muitos desses esquemas de criptografia. O único método de criptografia verdadeiramente seguro é um "One Time Pad" ... Todo o resto geralmente tem uma solução matemática que é como eles sabem quando eles quebraram o código. Um bloco de tempo único não é quebrável com qualquer quantidade de poder de processamento porque não é um problema de matemática, mas um problema de conhecimento.