%APPDATA%\notepad++\config.xml
ou talvez
%APPDATA%\notepad++\session.xml
A propósito, se você quiser saber como eu descobri isso, eu disparei Sysinternals ProcMon , defina um filtro no campo ProcessName como "notepad ++. exe", feche o Notepad ++ e depois o ProcMon me mostrou quais arquivos foram acessados quando eu os fechei.