Então é isso que venho usando ultimamente. Eu acho que funcionalmente faz a mesma coisa que pdf2ps file.pdf - | ps2pdf - file_flat.pdf
, mas parece funcionar melhor para mim.
gs -sDEVICE=pdfwrite -dPDFSETTINGS=/default -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=<newfile> <oldfile>