Atualização:
Apenas verifiquei avidemux como eu tinha instalado, depois de ler essa outra resposta.
É o que você está procurando (não acha que pode fazer MP4 por causa de seu nome…).
Eu acho que o VirtualDubMod é compatível com mp4, mas eu não o usei, então não sei ao certo.
Você pode querer verificar MeGUI .
É um aplicativo e ferramentas bastante complexos e repletos de recursos.
A ferramenta para incorporar em um contêiner (mp4 no seu caso) é chamada muxer, mas provavelmente não é possível concatená-los.
Você pode usá-lo em combinação com o VirtualDub. Virtualdub para concatenar os streams de vídeo e o muxer para torná-lo um mp4 novamente (sem ter que reencodificar).