No melhor de meu conhecimento, não é possível alterar as regras do servidor do OSX puro. Quando nossos usuários de Mac solicitam isso no trabalho, nós os ajudamos a configurar as regras em um cliente Outlook completo. A Microsoft não expôs essas APIs a clientes não-MAPI e, como você já descobriu, o OWA não-IE também não tem esse suporte.
A versão IE do OWA pode fazer regras (pelo menos no Exchange 2007 e superior), mas até mesmo essa funcionalidade é um pouco reduzida. Mas as regras do lado do servidor (ordenação de pastas e similares) podem ser criadas.