Isso depende totalmente de qual interface você está usando. Se você está usando o KDE, verifique se isso se você estiver usando o Gnome check estes .
Atualmente, no Gnome, não há como alterar isso, exceto nos próprios programas. Exemplo: Sobre o Firefox: config você pode alterar a rolagem do mouse pela entrada de linhas. Pelo que li, é codificado em gtk ou xorg.
Para as opções adicionais do Firefox, um amigo disse que o SmoothWheel faz maravilhas para ele