Normalmente, eu coloco o meu em:
-
/usr/local/bin/
para os scripts serem executados por mais de um usuário normal -
/usr/local/sbin/
para scripts que devem ser executados como root
Dessa forma, você separa a tarefa que o script faz, do cron que apenas automatiza o lançamento.
Você precisará do root para armazenar arquivos lá.