Deve estar em:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes
e HKCU\SOFTWARE\Classes
E eu não acredito que isso tenha mudado recentemente.
A prioridade é para o usuário atual e, em seguida, para a máquina local (alias eu acredito em classes raiz).
O Explorer usa um conjunto diferente de chaves de registro que podem ser encontradas em:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\