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Isso pode depender do tema escolhido. Eu li há algum tempo atrás, que alguém teve os mesmos problemas com o mecanismo de visão clara. Ele havia escolhido outro tema e os problemas desapareceram.
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Você pode tentar desativar "Polling de posição do mouse" no compiz.
Instale o Gerenciador de configurações do CompizConfig:
sudo aptitude install compizconfig-settings-manager
Em seguida, vá para System / Preferences e escolha "Advanced Desktop Effects Settings" (não tenho certeza se ainda é chamado dessa forma, porque eu uso o Ubuntu em alemão) e desabilite o mouse Position Polling: