Primeiro de tudo, você encontrou um bug. O usuário não deve se preocupar com a configuração do touchpad sendo perdida após o reinício. Você vai ao Launchpad e relata este bug, para que ele possa ser identificado e corrigido corretamente.
Depois disso, vá para /etc/pm/sleep.d/
e adicione um script que será executado antes e depois de suspender ou hibernar. O script recebe um único parâmetro de linha de comando "suspend", "resume", "hibernate" ou "thaw", ele deve inspecionar esse argumento e tomar a ação apropriada. Deve haver pelo menos um outro script nesse diretório ( 99laptop-mode
) que você possa usar como referência.