Isso parece funcionar para mim:
sed 's/\xe2\x80\x8b//g' inputfile
Demonstração:
$ /usr/bin/printf 'X\u200bY\u200bZ' | hexdump -C
00000000 58 e2 80 8b 59 e2 80 8b 5a |X...Y...Z|
$ /usr/bin/printf 'X\u200bY\u200bZ' | sed 's/\xe2\x80\x8b//g' | hexdump -C
00000000 58 59 5a |XYZ|
Editar:
Baseada parcialmente na resposta de Gilles:
tr -d $(/usr/bin/printf "\u200b") < inputfile