Existe um arquivo chamado /home/.ecryptfs/$USER/.ecryptfs/auto-umount que é usado como sinalizador para desmontar a partição criptografada sempre que você não tiver um shell login não mais.
Você pode querer remover isso, ou (não testado!) tentar criar outra sessão na tela (por exemplo, executar sudo login
e efetuar login com o mesmo usuário, na tela, isso deve manter o número de invólucros de login acima de zero) .
EDIT: ecryptfs usa who
para contar o número de logins. Se você sentir vontade de solucionar problemas ...