A solução pode ser compilar o ffmpeg manualmente :
O post sugere compilar x264 e ffmpeg por conta própria. Mas use o x264 do Ubuntu e compile apenas o ffmpeg é suficiente. Então, aqui estão os passos. Comece removendo o ffmpeg e certificando-se de que o x264 está instalado corretamente.
apt-get remove ffmpeg
apt-get update
apt-get install libx264-106 libx264-dev x264
Em seguida, faça login como root, faça o download, compile e instale o ffmpeg:
su -
svn checkout svn://svn.ffmpeg.org/ffmpeg/trunk ffmpeg
cd ffmpeg
./configure --enable-gpl --enable-version3 --enable-nonfree --enable-postproc --enable-libfaac --enable-libmp3lame --enable-libopencore-amrnb --enable-libopencore-amrwb --enable-libtheora --enable-libvorbis --enable-libvpx --enable-libx264 --enable-libxvid --enable-x11grab
make
make install