Isso não é relacionado a programação, mas você pode usar o scp para fazer isso.
scp file.zip remote-box-name:/path/to/destination/file.zip
Se o seu nome de usuário for diferente na caixa remota, você precisará prefixar:
scp file.zip yourusername@remotebox:/path/to/destination/file.zip
E para recuperar um arquivo, você pode fazer isso:
scp remotebox:/path/to/destination/file.zip file.zip