Não há como dizer de uma maneira ou de outra se determinado arquivo sem perdas foi copiado diretamente de um CD ou reencodificado de outro formato com perdas. Há alguns programas disponíveis que tentam determinar a probabilidade de um determinado arquivo ter uma fonte com perdas:
O que esses programas fazem é analisar o arquivo em busca de características que possam indicar que eles foram codificados com perdas. Coisas como rolloff afiado de áudio > 16 KHz, áudio não alinhado a quadros de CD, sinais indicativos de codificação de falhas como pré-eco, etc.
Há também a resposta sarcástica: saia da música pirateada e compre o CD ou a faixa. :-p