Recentemente, atualizei do trusty para o xenial, através do do-release-upgrade e tive o mesmo problema. Depois que a atualização foi concluída, após a inicialização do sistema, na tela de login do gdm, não consegui clicar em nada com o mouse. Eu poderia movê-lo e às vezes rolar, mas não consegui clicar em nada. Eu tive que navegar com vários atalhos-chave como alt + tab e alt + f4
Eu tentei um mouse ps2, um touchpad usb sem fio e um mouse diferente. O mouse funcionou bem em outra máquina. O DMSG também não pareceu mostrar nada de útil. Eu tentei todo o óbvio, como diferentes portas USB sem sucesso. Eu reinstalei o gnome-shell e o gdm, limpando configurações e até mesmo tentando atualizar para o último gnome 3.20. Nada funcionou.
Depois de muita frustração, instalei o flashback da sessão do gnome. Isso funcionou depois de mudar para o lightdm. O mouse não clicou em nada no gdm ou no gnome3, mas o gnome2 funcionou bem. Então, instalei o kde-plasma, que funcionou. Do que openbox e mate, que também funcionou. Em seguida instalei canela e o mouse funcionou, exceto que não consegui clicar em nada na barra de status / menu abaixo. Tudo funcionou, porém, muito estranho. Mas se eu entendi corretamente, canela usa o código gnome2 e gnome3, então eu pensei que essa informação poderia ser útil para alguém tentando depurar.
Mas eu realmente queria meu Gnome3 de volta. Finalmente consegui consertar esse bug. Eu tentei desativar meus drivers proprietários da Nvidia e mudei para o Nouveau. Depois de uma reinicialização, o gnome3 funcionou novamente. Se você usa algum driver proprietário, tente desabilitá-los. Espero que ajude.
Atualização: Depois de desabilitar os drivers nvidia, e mudar para o Noveau, eu reinstalei os drivers nvidia, e tudo funcionou bem. Então vale a pena tentar.