Por que não?
Primeiramente, nem todas as portas USB são feitas da mesma maneira. As portas USB frontais são notórias por não fornecer energia suficiente para muitos dispositivos, especialmente em casos mais antigos / mais baratos. O USB 3.0 pode não funcionar para teclados no momento da inicialização para muitos dispositivos. Você pode ter mais de um controlador em um sistema para USB, e esse controlador pode estar chato. Em suma, descarta um erro com uma porta específica, seu controlador ou o subsistema físico elétrico que a suporta.
Não é diferente de executar um sistema mínimo para descobrir por que uma placa-mãe ou outro dispositivo está funcionando e adicionar coisas até que algo falhe.