A solução é manter um histórico de backups.
Você pode armazenar um backup diário, por exemplo, nos últimos sete dias. Então, um backup por semana, quatro vezes por mês. Dessa forma, se o backup de ontem tiver sido salvo em um estado ruim, você fará o backup do dia anterior. Ou você pode fazer o backup da semana passada.
Para economizar espaço, você pode usar um sistema de arquivos com desduplicação de suporte, usar links físicos ou armazenar apenas a diferença entre o backup. Qual solução é a melhor, depende das suas necessidades, da configuração e do software que você executa.
EDIT: Você atualizou sua pergunta e adicionou informações adicionais.
Como você já sabe, é necessário separar os dados do backup. Um backup é sempre redundante, se possível até mais de uma cópia. Não conheço sua solução NAS e seu software de backup. Mas eu posso te dizer como resolvi isso.
Eu uso um sistema antigo de 300MHz como servidor de backup, que está conectado ao servidor de arquivos (que seria o seu NAS na sua configuração). Uma vez por dia, o servidor de backup é ligado e obtém o backup do servidor de arquivos e grava os dados em seus próprios discos rígidos. Como software de backup, eu uso rsnapshot . Nenhum computador cliente tem acesso ao servidor de backup de alguma forma. E está funcionando apenas por um curto período de tempo por dia.
Esta é apenas uma solução possível dentre muitas. Os pontos-chave de uma boa solução são:
- Mantenha um histórico de backups
- Um backup é sempre redundante
- Um backup é armazenado em um hardware diferente (por exemplo, uma segunda unidade, não uma segunda partição na mesma unidade)
- Os computadores clientes não devem ter acesso ao backup
- O backup deve ser o mais fácil possível, na melhor das hipóteses totalmente automático
- Dependendo da frequência com que as restaurações são esperadas, não deve ser um fardo muito grande restaurar os dados