No Ubuntu, o local padrão do banco de dados é compilado no binário mlocate , então é difícil alterá-lo. Você pode definir a variável LOCATE_PATH, mas o arquivo de banco de dados mencionado lá será usado apenas como um banco de dados adicional, não o padrão.
Como solução alternativa - qual é o tamanho do seu arquivo .db ? No meu sistema é 5 MiB, isso é um problema real? Não seria mais fácil remover alguns caminhos que você não precisa procurar por locate (veja man updatedb.conf ) e tornar o arquivo menor dessa maneira?