Seu arquivo de lote não está no formato correto para um script de morcego do Windows. Em vez disso, seu script parece ter sido destinado ao Linux. Você precisará alterar o script para usar um loop for suportado pelo Shell do Windows.
Abaixo está um exemplo de como realizar essa tarefa usando um windows for loop. Basta colocar a linha abaixo no seu arquivo de lote e mover o script para o mesmo diretório que os arquivos avi, então executá-lo.
for %%A IN (*.avi) DO ffmpeg -i "%%A" "%%A.mpg"