Eu tive o mesmo problema, mas não havia nenhuma configuração para a variável de ambiente CYGWIN em qualquer script ou nas propriedades do computador (Painel de Controle).
Descobri então que o serviço sshd tinha uma configuração para a variável de ambiente CYGWIN no registro do Windows na seguinte chave:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\services\sshd\Parameters\Environment
Ao remover a opção tty na string @CYGWIN , o aviso de descontinuação não aparecerá mais ao executar comandos.