As versões mais recentes do modo de organização (> = 8.0) podem exportar para o markdown diretamente: link
Mas você deve observar que não há menu para exportar para o markdown por padrão, e você precisa adicionar a seguinte configuração ao seu arquivo .emacs, de forma que o emacs carregue automaticamente o modo de exportação de markdown: link
(eval-after-load "org"
'(require 'ox-md nil t))