Depois de um pouco de pesquisa para encontrar esse problema, acredito que seja causado por ter rastreado alterações ao tentar atualizar a tabela de figuras. O Word fica confuso com as várias cópias de revisão, e simplesmente perde algumas entradas. Isso pode ser corrigido facilmente aceitando todas as alterações (Review- > Aceitar - > Aceitar todas as alterações no documento) e atualizar novamente.