Estou supondo que você está se referindo a um sistema operacional Windows 7 ou similar. A razão pela qual você está vendo a diferença entre as duas contas de usuário é porque um tempo atrás, quando o Vista saiu, a Microsoft mudou um pouco suas políticas de permissão. Ao contrário do XP quando você criou uma conta de administrador, ele tinha todos os direitos que a conta de administrador comum teria. Agora, no Vista e no Windows 7, você é um pseudo-administrador, a menos que esteja conectado como o administrador real. Na maioria dos casos, você pode executar o prompt de comando clicando com o botão direito do mouse no programa cmd.exe e optando por executar como Administrador para obter os resultados desejados; no entanto, há momentos em que você precisará efetuar login na conta Administrador real para executar suas tarefas. A principal razão que isso foi feito foi impedir que os vírus fizessem seu trabalho desagradável e uma máquina.
Eu vi certos softwares exigirem uma instalação ou desinstalação diretamente da conta "Administrador" e nenhum outro, senão eles não funcionariam. Espero que isso esclareça um pouco a situação.
Felicidades