Na sua máquina local, você pode criar um túnel SSH através do host intermediário para o host final:
ssh user@intermediate -L 2000:final:22 -N
Isso abrirá a porta 2000 em seu host local que se conectará diretamente ao servidor final na porta 22, através de tunelamento através do host intermediário. Agora, em outro prompt, conecte-se com o sftp na porta 2000 para ser tunelado até o servidor final, observando que o usuário especificado aqui é para o host final:
sftp -P 2000 user@localhost
Parece que isso pertence a superuser.com ou serverfault.com embora.