Sim, isso é chamado de Sincronização seletiva no Dropbox .
Você pode excluir pastas específicas que estão sendo sincronizadas com o DropBox.
No Windows 7 e no Dropbox 3.1.265, você pode:
- clique no ícone da bandeja do sistema do Dropbox
- clique no ícone de roda dentada e selecione Preferências
- clique em Conta
- clique em Sincronização seletiva
- Desmarque a pasta que você não deseja mais sincronizar com o Dropbox
- Clique em OK
Esteja avisado que o Dropbox excluirá essa pasta, portanto, certifique-se de copiar tudo para outro lugar antes de fazer isso e copiá-lo depois. (Thiago Duarte)