Histórico parcialmente. Não tenho certeza se o secundário é usado para mais nada.
"cliboard" é o que é usado pela maioria das ctrl + x / c / v, é a área de transferência que você coloca as coisas de propósito
"primário" é o que mantém qualquer texto selecionado, é como X rastreia o que é selecionado e convenientemente pode ser colado com um clique do meio (ou, se você é incrível, clicando nos botões direito e esquerdo ao mesmo tempo tempo) ou por turno + inserir em xterm