cryptsetup faz parte do repositório principal do Ubuntu, o que significa que é oficialmente suportado pelos desenvolvedores do Ubuntu e pela Canonical. É específico para o Linux e fornece criptografia de dispositivo de bloco no nível do kernel.
Truecrypt não faz parte do pacote do Ubuntu (devido a razões de licenciamento) e é oferecido como um pacote adicional que você pode adicionar para o seu sistema Ubuntu. O Truecrypt faz sua criptografia e descriptografia no espaço do usuário, em vez de no kernel do Linux, o que na verdade permite a compatibilidade de clientes para Windows e MacOS.