Um grande problema com o 64bit no Linux é o Flash Player. Há um plugin beta para 64 bits, mas ele não recebe atualizações de segurança, então você precisa usar um plugin de 32 bits (+ 32bit-plugin-wrapper) ou você tem que usar a versão não segura.
No entanto, estou usando o Linux de 64 bits e não tenho problemas. (Minha distro é o Gentoo, mas acho que o Ubuntu também deve rodar bastante estável.)