Há uma função "interna" documentada na qual você pode estar interessado. Você pode criar uma imagem de "disco bruto" que basicamente passa todos os comandos para a partição em seu disco rígido. Dessa forma, você pode manter sua partição do Windows e tentar inicializá-la a partir do VirtualBox.
Você pode criar uma imagem não processada da seguinte maneira:
VBoxManage internalcommands createrawvmdk -filename /path/to/file.vmdk
-rawdisk /dev/sda -partitions 1,5
em que 1,5
significa as partições 1 e 5 em /dev/sda
Lembre-se, as chances de que isso funcione perfeitamente são muito pequenas. O Windows não é exatamente conhecido por ser adaptável a mudanças extremas no hardware.
Você pode ler mais sobre discos brutos aqui: Capítulo 9. Configuração avançada de armazenamento