Você pode desinstalá-lo usando o código do produto:
msiexec.exe /x {your-product-code-guid}
Você obteria esse código do próprio MSI ou de qualquer ferramenta que estivesse usando para criar o MSI.
Observe que, quando você desinstala um produto, ele usa um MSI em cache, pois somente o MSI original sabe como se desinstalar sozinho. Quando você usa o código do produto, ele usa o MSI em cache de C: \ WINDOWS \ Installer.