As anotações feitas no Okular são armazenadas na pasta ~/.kde/share/apps/okular/docdata
.
Deve haver um arquivo .xml para cada pdf anotado.
No futuro, você pode querer usar o visualizador PDF X-Change do Foxit Reader para Windows através do Wine. Essas anotações sava no próprio pdf e são visíveis no Adobe Reader ou em qualquer outro leitor de PDF para esse assunto.