halt coloca o sistema no seu estado mais baixo, mas deixa ligado.
shutdown coloca o sistema no seu estado mais baixo e desliga a energia (interruptor de energia) se puder. A maioria dos computadores agora pode fazer isso.
reboot reinicia o sistema. Ele traz o sistema ao seu estado mais baixo e, em seguida, inicia novamente.
O que fazer depende do que você deseja fazer. halt é geralmente para chegar a um estado em que você pode realizar manutenção de baixo nível. shutdown é desligar o sistema e reiniciar é reinicializá-lo.