Obter a lista de pacotes instalados é simples:
dpkg --get-selections | grep "[[:space:]]install$" > installed_pkgs
Mais tarde, você pode reinstalar os pacotes na lista usando este comando:
dpkg --set-selections < installed_pkgs
sudo apt-get -u dselect-upgrade
Se você usou o aptitude exclusivamente para instalar pacotes manualmente, é muito fácil obter uma boa lista de pacotes instalados manualmente. Caso contrário, essa lista incluirá os dois pacotes instalados e suas dependências.
Em ambos os casos, leia este artigo e comentários para obter uma solução coerente para gerar a lista de pacotes instalados manualmente: Limpar um sistema Debian GNU / Linux .
Você pode encontrar deborphan e debfoster de ajuda para manter esta lista no futuro.