Não é possível silenciar diretamente através da linha de comando, não.
Mas você poderia usar um utilitário de linha de comando como NirCmd para obter a mesma funcionalidade.
Basta executar nircmd.exe mutesysvolume 1
do cmd para silenciar o áudio. Por exemplo. você poderia facilmente fazer isso por meio de um script em lote, se estiver tentando fazer várias coisas ao mesmo tempo.