A maioria dos serviços do Windows está sendo executada na conta SYSTEM. O indexador Windows Search , por exemplo, é executado na conta do sistema local. Se a conta do Sistema Local não puder acessar seus arquivos, eles não serão indexados / encontrados através da Pesquisa do Windows.
Pode haver outros efeitos colaterais, principalmente relacionados ao fato de que muitos serviços (incluindo os de terceiros) são criados com a suposição de que os arquivos do usuário estão acessíveis à conta do sistema.
Então, em teoria, você pode remover essas permissões, mas na prática você precisa de uma boa razão para isso.