Você pode querer procurar por um software gerenciador de cookies. Você quer um que permita classificar os cookies por data de criação ou data de modificação. Então você pode simplesmente selecionar todos os cookies após uma determinada data e excluí-los.
Por exemplo, o ChromeCookiesView do NirSoft parece ter esses recursos.
(Eu usei o NirSoft IECookiesView e gostei dele. O Chrome deve ser similar.)