Para arquivos de dados, não faz diferença - ambas as instruções referenciarão o arquivo de dados em seu diretório atual. (Por exemplo, cat filename e cat ./filename são semanticamente idênticos.)
É uma história diferente se o nome do arquivo em questão se refere a um executável , ou seja, é a primeira (ou até mesmo única) coisa que você digita na linha de comando. ./filename procurará o executável em seu diretório atual e em nenhum outro lugar. filename , por outro lado, avaliará a variável de ambiente PATH e procurará filename em todos os diretórios armazenados nela (o que pode ou não incluir seu diretório atual).
./filename (ou qualquer outro /path/to/filename ) é assim preferido quando você quer executar um executável específico , não o primeiro encontrado em seu PATH.