Isso parece ser um problema para muitas pessoas, inclusive eu. Os fóruns de suporte da Apple parecem ter a mesma conclusão de que isso é algum tipo de bug com o Mac OS X e hubs USB:
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Sua sugestão é conectar o teclado diretamente ao Mac.
Eu comecei a usar o KeyRemap4MacBook para lidar com esse problema. O que você pode fazer é dizer para remapear o comando para a opção e opção para o comando de APENAS teclados externos e qualquer dispositivo externo que não seja da Apple.