A resposta para sua pergunta é Xournal. Suporta uma sobreposição do PDF semelhante a máquina de escrever. link
Ao contrário do Adobe Acrobat, o texto não é manipulável depois de ser colocado, então você precisa cuidar mais dele. Também li que funciona convertendo o PDF em uma imagem, cobrindo os gráficos e depois exportando como PDF. Isso pode perder alguns quailly.