Eu procuraria no myDefrag (do link ) que pode organizar um disco exatamente como você deseja através de vários scripts que você pode escrever por isso.
É razoavelmente fácil modificar os scripts existentes para adicionar arquivos específicos perto do início do disco durante uma desfragmentação, ou você pode criar um novo script que simplesmente mova um arquivo em particular.
O padrão "System Disk Optimization" já é bastante bom e move a maioria dos arquivos necessários durante a inicialização para o disco.