Embora esta não seja a situação mais comum, do ponto de vista prático eu não diria que deveria ser proibido colocar diretórios de "dados de usuários compartilhados" em / home (especialmente se o sistema é seu ou não está sujeito a regras expressas) que o proíbe). Eu uso eu mesmo pelas mesmas razões que você. Na verdade, eu normalmente participo meu / home separadamente do diretório raiz para facilitar o backup do que realmente me interessa (dados do usuário), e por isso não preciso me preocupar com isso, caso eu decida completamente reinstalar ou atualizar meu sistema (neste caso, posso simplesmente limpar o diretório raiz sem ter que me preocupar com o apagamento dos dados do usuário - e os arquivos a serem compartilhados entre todos os usuários que também considero como dados do usuário).
Caso você esteja preocupado com o fato de um usuário criar um homedir com o mesmo nome, o script '' adduser '' ou similar (eu uso o Slackware, não o Ubuntu) provavelmente irá reclamar que o homedir já existe e pedirá ao usuário para escolher outro ou chown.