A Microsoft sempre fez da compatibilidade com versões anteriores uma grande prioridade. É exatamente por causa de todas as aplicações que assumem C:\
, ou mesmo o padrão genérico de Drive:\path\
, que eles não podem mover para uma estrutura como o UNIX. Todos os aplicativos do Windows são baseados na suposição de que os caminhos começarão com uma letra de unidade (se não forem um caminho relativo). É improvável que isso seja alterado em breve.
Alguns aplicativos, quando executados no modo de compatibilidade, podem funcionar corretamente com uma unidade de instalação não padrão.
Algo que pode funcionar (eu não tentei, mas depois e adicionarei detalhes) seria criar uma partição pequena, nomeá-la C:
e montar as várias unidades do sistema a partir de H:
nas pastas na unidade C:
. Dessa forma, quando um programa solicitar C:\Program Files
, ele acessará a pasta em H:\Program Files
, montada na unidade C:
.