disown não altera os programas STDOUT / ERR. Eles ainda irão para onde quer que você os redirecionou (usando > etc.). Se você não os redirecionou, eles continuarão a entrar no terminal do qual você iniciou o programa (até que você feche o terminal, caso em que eles serão descartados).
Para ilustrar, execute isso em um terminal:
bash -c 'while true; do sleep 1; echo hi; done' &
Isto irá imprimir "oi" a cada segundo (e incomodá-lo terrivelmente ;-)). Se você disown o programa após o início, o "oi" s apenas continuará. Você precisa encontrar o PID do shell (usando, por exemplo, ps) e matá-lo para que ele pare.
Editar:
Com base nos comentários, talvez o que você realmente queira fazer é recuperar a saída do programa depois que você disown ed fechou o terminal em que estava sendo executado. Isso é explicado nesta pergunta: Ofact-the-fact remote nohup com tcsh (graças ao quixote quackote ).