Minha melhor solução para isso até agora é instalar o Compiz e executar as seguintes ações: selecione "Opções gerais" na parte superior da primeira janela, abra a guia "Foco e aumento de comportamento", selecione "Muito alta "na lista suspensa" Focus Prevention Level "e digite" any "na caixa de texto" Focus Prevention Windows ".
Estou me acostumando com o fato de que preciso varrer visualmente os aplicativos na parte inferior da janela regularmente e isso produz alguns comportamentos estranhos, como aplicativos que antes tinham foco, mas depois forneciam a outros aplicativos depois uma caixa de diálogo foi concluída.
Ainda procurando soluções melhores para isso, e espero conseguir um comportamento melhor alterando as configurações no Compiz, mas estou muito ocupado com isso.