Não caber em 1024x600 com margem de manobra razoável para painéis deve ser considerado um bug nas aplicações. Por favor arquive esses bugs !
Como Takkat disse, normalmente você pode alternar com o mouse + alt a janela para contornar o bug. Além disso, a maioria dos gerenciadores de janelas também tem uma ação de 'mover' no menu da janela que permite movê-lo com o teclado.
Finalmente, você pode usar xrandr
para escalar a janela; por exemplo,
xrandr --output LVDS1 --scale 1.2x1.5
seria dimensionado para 1229x900. Bruto, mas eficaz.
Se você usar esse último método, observe que todos os drivers com os quais tentei ficar confuso, a menos que você volte para 1x1 antes de tentar novas proporções.