Eu pessoalmente instalei o Debian (não o Ubuntu) em um pen drive antes e adorei. Isso torna muito conveniente e eu não teria de outra maneira.
Eu pessoalmente usei o ext2 porque estava muito preocupado com os afetos de escrever no diário que acabariam matando meu pau.
Eu posso te dizer que com o ext2, eu estive em funcionamento por aproximadamente 9 meses e quase nenhuma parada. Eu não notei nenhum problema nem lentidão real devido ao meu uso.
A única recomendação que tenho é rodar fsck a cada semana. Isso deve permitir que você veja os 'setores defeituosos' da unidade e continuará a contorná-los. Dito isto, eu ainda não tenho setores ruins e está funcionando como um encanto.
Eu recomendo altamente um pen drive (eu vou tentar o fedora em vez do debian) para quem viaja com frequência e não quer ser amarrado a usar o que está disponível onde você está.