Isso acontece porque os argumentos contêm espaços (por exemplo, "C:\Program Files\Mathcad\Mathcad Prime 1.0"
). Em tais casos, você deve escapar das citações em torno dos argumentos.
O caractere de escape no PowerShell é o sotaque grave (').
Portanto, o comando deve ser algo como isto:
msiexec.exe /qb /I "C:\myInstaller.msi" INSTALLLOCATION='"C:\Program Files\installFolder'" ALT_DOC_DIR='"C:\Program Files\otherFolder'"